Edgar, la taupe, Abigail, la souris, et Russel, le hérisson, mènent une vie paisible et heureuse dans le monde magique de Dapplewood, jusqu'au jour où une pollution chimique s'abat sur leur forêt. Seule une plante magique peut sauver leur jeune amie Michelle, intoxiquée par les fumées nocives. N'écoutant que leur courage, les trois amis s'envolent alors pour un voyage périlleux à travers la forêt...
Londres, 1897. Une nuit, le docteur Dawson découvre sur son chemin la petite Olivia en larmes. Fille du fabricant de jouets Flaversham, celle-ci lui apprend que son père s'est fait enlever et qu'elle est à la recherche de la maison de Basil, un brillant détective. Ce dernier a élu domicile dans les sous-sols du 10, Baker Street, dans la demeure du fameux Sherlock Holmes. Olivia lui confie que c'est une chauve-souris qui a kidnappé son père. Pour Basil, il ne fait aucun doute que Ratigan, le rat le plus démoniaque du royaume, est derrière tout ça...
Rox, un petit renard orphelin, recueilli par une fermière, fait la connaissance de Rouky, un chiot appartenant à un chasseur. Les deux animaux vont devenir des amis inséparables. Mais en grandissant, l'instinct reprend ses droits et Rouky part chasser le renard avec son maître. Les deux animaux se retrouvent face à face...
A New York, les souris du monde entier se réunissent et décident de porter secours à Penny, une petite orpheline séquestrée par l'affreuse Madame Médusa. Bernard et Bianca, intrépides détectives de choc, se portent volontaires...
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