Année 2199. L'humanité vit ses derniers jours. La puissante flotte de la planète Gamilas envoie des astéroïdes radioactifs s'abattre sans relâche sur la surface de la Terre, la rendant inhabitable. Les survivants se sont réfugiés dans de vastes cités souterraines, mais les radiations s'enfoncent toujours plus profond, et il n'y aura bientôt plus de refuge possible pour l'espèce humaine.Le vaisseau spatial Yamato est le dernier espoir pour retrouver une machine de décontamination qui pourrait sauver la Terre du triste sort qui l'attend.
Miri, une jeune fille, se matérialise de nulle part au milieu d'une fusillade. Miyamoto, un tueur professionnel, lui porte secours et la ramène chez lui. A son reveil, la fille lui raconte une histoire incroyable. Elle vient du futur et dans sa réalité l'humanité est sur le point d'être détruite par des extra-terrestres. Le duo n'a que 2 jours pour changer le cours de l'histoire...
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