Les quatre héros en carapace se trouvent confrontés au maléfique clan des 'Foot' et à leur terrible chef Shredder qui est en possession d'un gel radioactif qui lui permet de créer de féroces mutants. Avec l'aide de April O'Neil, du professeur Jordan Perry et de Keno, le livreur de pizzas, les Tortues Ninjas vont relever le défi et affronter Shredder et son clan dans un combat sans merci !
Grâce à un sceptre magique, les fameuses tortues se retrouvent dans la province de Shingu dans le Japon du XVIIe siècle. De nouvelles aventures à travers le temps les attendent...
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