Quand Thomas reprend connaissance, il est pris au piège avec un groupe d'autres garçons dans un labyrinthe géant dont le plan est modifié chaque nuit. Il n'a plus aucun souvenir du monde extérieur, à part d'étranges rêves à propos d'une mystérieuse organisation appelée W.C.K.D. En reliant certains fragments de son passé, avec des indices qu'il découvre au sein du labyrinthe, Thomas espère trouver un moyen de s'en échapper.
La planète Aradius est devenue un désert stérile après que les humains en aient épuisés toutes les ressources naturelles. Ses habitants, les Arides, sont sous le joug du Griffon, un sanguinaire tyran humain. Hirokin, guerrier solitaire au passé sombre, est laissé pour mort au milieu de l'étendue désertique après avoir tenté de sauver sa femme et son fils des mains des sbires du Griffon. Secouru par une tribu Aride, il fait la connaissance de Moss, leader de la rébellion. En suivant les enseignements de ce dernier, Hirokin va choisir d'accomplir sa destinée en combattant pour la liberté des opprimés...
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