Un accident dans les essais d'un bouclier magnétique révolutionnaire précipite une unité de l'armée japonaise, 460 ans dans le passé, à l'époque où les seigneurs de la guerre se partageaient le pays. Conscient de l'immense pouvoir que lui donnent hélicoptères de combat et blindés, le colonel Matoba prend le contrôle de la région. Envoyée au cours de la faille dans l'espace-temps, une autre unité de l'armée arrive en 1549. Sa mission : empêcher que Matoba détourne le cours de l'histoire...
Shinichi est un instituteur qui mène une vie minable : ses élèves le chahutent et sa famille n'a aucun respect pour lui. Pour s'évader de cette routine, il se fabrique le costume du super-héros de son enfance et s'invente des aventures. Alors que des extraterrestres arrivent sur Terre, Shinichi découvre qu'il a réellement des supers-pouvoirs... il est devenu Zebraman...
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